Una familia asturiana compró el monasterio en 1836 por 40.000 reales
Imagen tomada en 1932 de la familia Álvarez-Estrada, propietarios del monasterio, delante del pórtic
La Desamortización de Juan Álvarez Mendizábal de 1836 supuso la subasta a favor del Estado el monasterio y las tierras aledañas del San Pedro de Eslonza, que pasó por distintas manos. A partir de entonces, el monasterio sufrió saqueos constantes lo que propició la pérdida de su patrimonio artístico, hasta que en 1840 el templo, y sus posesiones, fueron adquiridas por la familia asturiana de Felipe Álvarez-Estrada por 40.000 reales. A pesar de su declive, que poco a poco lo condujo a la ruina, el monasterio fue declarado en 1931 Monumento Histórico-Artístico Nacional.
En 1947 el obispo Luis Almarcha, impulsor de los grandes proyectos de construcción y rehabilitación de los principales monumentos de León, como San Claudio, San Isidoro, San Miguel de Escalada, Nuestra Señora de Regla, la Catedral, el nuevo templo de la Virgen del Camino, Palacio Episcopal o Arbás del Puerto, compró a la familia Álvarez-Estrada las piedras de los dos pórticos del monasterio para transladarlas a la re cien edificada Iglesia de San Juan y San Pedro de Renueva en la capital. Las portadas del Monasterio de Eslonza y otros elementos fueron integrados en la nueva construcción, salvándose así de una inexorable destrucción. La advocacion del nuevo templo aunaría la de San Juan por la vieja iglesia parroquial situada en Renueva y de San Pedro por el antiguo cenobio benedictino de Eslonza.
Según los herederos de Álvarez-Estrada, la familia no recibió por parte del Obispado la cantidad de dinero acordada por el traslado de las piedras, al parecer por las ideas políticas del patriarca de la familia, que no comulgaban la iglesia.