Fue la segunda declaración de la provincia, tras la Catedral de León

Ana Isabel Ferreras destacó la importancia de la declaración de Monumento Nacional para San Miguel de Escalada, ya que «a ella se deben todas las restauraciones que se han acometido estos últimos 125 años, sin las cuales hoy no estaría en pie».

La historia de esta declaración comienza el 9 de febrero de 1886, cuando Federico de Madrazo, director de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, informa al Ministro de Fomento de la existencia de un pequeño edificio leonés que por su categoría merecería la calificación de Monumento Nacional y así proceder a su conservación y restauración. A lo largo de los años se ha demostrado que esta notificación fue vital para preservar al templo de una ruina inminente. El arquitecto al que se le encargó la tarea de dirigir las primera restauración del monasterio fue Demetrio de los Ríos, residente en León, y autor de un estudio muy avanzado sobre las obras a realizar en San Miguel de Escalada.

El Ministerio de Fomento dio su conformidad el 27 de febrero de 1886 mediante escrito de su titular, el ministro Montero Ríos, y un día después la Reina Regente, Maria Cristina de Habsburgo, declaraba Monumento Nacional a San Miguel de Escalada. La declaración se publicó en la Gaceta de Madrid del 11 de marzo, 42 años después que la Catedral de León, el primer edificio leonés en alcanzar dicha categoría.