Las aulas se nutrieron de los pueblos de la Diócesis
El proyecto del Seminario Menor San José, de La Bañeza, nació en 1946, cuando era obispo de Astorga el doctor Mérida Pérez. Ese mismo año, el Ayuntamiento de la ciudad donó los terrenos para la construcción del edificio y equipamientos necesarios para el centro de formación, pero los seminaristas no llegaron hasta el curso 1961/1962, con 378 alumnos matriculados.
Buena parte de su alumnado estaba formado por chicos que llegaban de las zonas rurales de la Diócesis de Astorga. Dado su carácter de internado, pocas familias de La Bañeza optaron por enviar a sus hijos varones al centro educativo de la Diócesis. Las vocaciones sacerdotales que se fraguaron en su interior fueron 62 hasta 1986, según indican los exalumnos, que llevan cuenta de los alumnos de cada año académico hasta entonces, pese a que permaneció abierto hasta el curso 1994/1995.
Es en 1983 cuando el seminario inicia el declive, ya que la normativa obligó a los centros a impartir todos los cursos del Bachillerato Unificado Polivalente (BUP). Hasta entonces, en La Bañeza se cursaban los dos primeros cursos de bachillerato, mientras que el último y el COU se impartían en el seminario de Astorga. Desde entonces, los seminaristas cursaron el BUP en su integridad en Astorga y el Seminario San José tan sólo impartía el segundo ciclo de la Educación General Básica (EGB), es decir, de sexto a octavo.
En 1995, las instalaciones se cedieron a la organización Mensajeros de la Paz, que las convirtió en geriátrico.