Un proceso de restauración repleto de hallazgos
La restauración del santuario ha desvelando hallazgos arquitectónicos desconocidos hasta ahora que la convierten en un edificio extraordinariamente singular dentro del mudéjar de Castilla y León.
En la cripta del altar mayor se ha depositado la momia descubierta en el año 2008 y que podría corresponder, según los estudios realizados por la Universidad de Valladolid, a Pedro de Vozmediano, señor de Calzadilla de los Hermanillos, enterrado en la segunda década del XVII, cuyos restos se encontraron con un sello papal de Gregorio XI, cuyo reinado se remonta al XIV. Sin embargo, momia y sello no parecen guardar relación. Otros restos humanos también se han colocado allí. El hallazgo sorprendió especialmente porque, además de estar en el altar mayor de la iglesia, detrás de una pared, la momia apareció en un féretro junto a un sello papal, del Papa Gregorio XI del siglo XIV.
La momia se la llevaron a un laboratorio, donde se le han practicado los correspondientes estudios, que confirmaron que se trataba de un varón de entre 45 y 55 años, y que el ataúd donde apareció no era el original.
Entre los descubrimientos hallados, destacan tres ventanales en el ábside de los que se conocían ya otros tres idénticos a aquellos y que descubren una extraordinaria luminosidad en el recinto, además de añadir variables muy complejas a su construcción.
A los pies de la iglesia, en la capilla norte, los restauradores, pertenecientes a la empresa Trycsa, han descubierto varios lucillos funerarios que convierten este espacio en una capilla funeraria de enorme magnitud. Además, ha aparecido una puerta de arco de herradura, de una hermosa factura, que servía como puerta de acceso al interior del convento, así como dos capiteles en piedra también muy interesantes. El santuario de La Peregrina es conocido por este nombre por una imagen del siglo XVII que representa una Virgen vestida de peregrina, obra de Lusia Roldán. La imagen está expuesta en el museo de Sahagún, en el convento de las MM Benedictinas