Un recién ascendido que sigue una línea creciente
En la temporada 2004-2005 Mirandés perdió la categoría de Segunda División B después de tres entrenadores y con el orgullo que haber llegado a octavos de final en Copa del Rey tras ser eliminado por el Real Betis (campeón de dicho año) pero después de ganar a UD Salamanca y Real Sociedad. En su etapa en Tercera división española el número de socios no sólo se mantuvo, sino que incluso aumentó, y es que durante la temporada 2006-2007 se consiguió el record de socios en la historia del club con 4.015 abonados tras un acuerdo con la Junta de Castilla y León.
En su primer año en Tercera tras el descenso el equipo acabó en segunda posición tras la Gimnástica Segoviana y jugó el play-off de ascenso contra el Cobeña que finalmente ascendió. Al año siguiente, en la temporada 2006-07, el CD Mirandés ganó su tercer título de Liga y cayó eliminado del play-off de ascenso en el último partido ante el Villarreal Club de Fútbol B. Con motivo del 80 Aniversario del Club, el día 2 de mayo de 2007 se celebró un encuentro amistoso entre el Club Deportivo Mirandés y el Racing de Santander cuyo resultado fue de 2-1 a favor de los rojillos.
En la temporada 2007-08 el equipo consiguió su cuarto título de Liga seis jornadas antes de acabar el campeonato y consiguió su récord propio de puntuación en Liga con un total de 95 puntos.
En el play-off de ascenso a Segunda División B derrotó al Club Deportivo Santanyí y fue derrotado por la Real Balompédica Linense. Al año siguiente, en 2009, el Mirandés concluyó la temporada en segunda posición tras el Club de Fútbol Palencia. En el play-off de ascenso, el equipo recuperó de nuevo la Segunda División B tras enfrentarse en la última eliminatoria al Jerez Industrial.
De nuevo en la categoría de bronce, el Mirandés está desarrollando una magnífica temporada hasta al jornada decimocuarta del campeonato.